目前菌肥没有被大面积推广施用，根本原因在于普遍农户思维陈旧对菌肥认知度明显不足，再有就是菌肥市场不够规范！对于菌种真假难辨！如对菌肥之功效、养分含量、施肥方法的掌握较生疏，就很难达到理想的效果。下面咱们就谈谈菌肥的正确施用和相关问题：
一、菌肥有什么作用？
菌肥是微生物肥料的俗称，它是一种带活菌体的辅助性肥料。土壤中存在着大量的微生物（包括细菌、真菌、放线菌），一般每克土含有几亿至几十亿个微生物。有些对作物生长发育有益，有些则有害。人们用科学的方法从土壤中分离、选育有益微生物，经过培养、繁殖、制成菌剂，将这些菌剂应用于农业，使作物增产，称为菌肥。
目前我国生产和应用的菌肥主要有根瘤菌、固氮菌、磷细菌、钾细菌、EM菌肥料等。菌肥是通过有益微生物的生命活动，拮抗有害微生物，促进土壤中养分的转化，提高土壤养分的有效性，改善作物营养条件，增加土壤肥力。
菌肥的作用有一下几方面：
1、改善土壤养分供应状况
菌肥主要通过各种菌剂促进土壤中难溶性养分的溶解、释放。菌剂在代谢过程中释放出大量的无机有机酸性物质，促进土壤中微量元素硅、铝、铁、镁、钼等的释放及螯合，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，使被土壤固定的无效肥料转化成有效肥料，改善了土壤中养分的供应情况、通气状况及疏松程度。
2、促进作物生长
菌肥的使用，促进了刺激素的产生，调节、促进作物的生长发育。菌剂的使用，可以促进赤霉素、生长素和其他活性物质的产生。
3、增强作物抗病抗逆能力
菌肥中部分菌种具有分泌抗菌素和多种活性酶的功能，抑制或杀死致病真菌和细菌；大量的田间试验证明，菌肥的应用可以降低病虫害发生率及增强作物的抗逆性能。如对棉花黄枯萎病，稻瘟病，小麦的白粉病、茎腐病，蔬菜猝倒病、立枯病、青枯病等有一定的防治和抑制作用，大量实验表明地恩地微生物菌剂可有效抑制某些种类线虫病的发生。菌肥还有明显的抗旱、耐寒、抗倒伏、抗盐碱的效果，增强作物的抗病性，从而有效预防作物生理性病害的发生。
4、提高产量、改善品质
使用微生物肥料可以提高农产品中的维生素C、氨基酸和糖分的含量，有效降低硝酸盐含量，使生产出来的农产品好吃又好看，卖个好价钱。可不同提高作物产量20-30％。
二、菌肥的正确施用：
菌肥用量少，单施不易施匀，覆土之前易受阳光照射影响效果，遇风天还会发生被风吹跑，可与有机肥混合深施效果较好，也可以与营养土混合用于蔬菜育苗，也可在蔬菜定植时穴施或沟施。
1、菌肥肥效持续时间长。由于生物菌具有较强的生命力，一般肥效可达150～180天，一季作物只施用一次，即可满足作物一生的生长发育的要求。
2、菌肥是一种活性菌，施用时必须埋于土壤中，不能撒施于地表，一般深施7～10cm。由于生物菌对作物的根系和种子不造成任何伤害，所以菌肥施用时应大限度地靠近作物根系，让其与作物根系大限度地接触，才能充分发挥生物菌肥的肥效。作种肥时，施于种子正下方2~3cm处；作追肥时尽量靠近根系为好；叶面喷施时，应在下午3时后进行，并喷施于叶的背面，防止紫外线杀死菌种。
3、菌肥与其它肥料配合施用效果好。菌肥是一种高含菌量的生物制剂，施于土壤后需要15~20天才能发挥肥效，多数生物菌需在氮元素的作用下才能复苏，所以在施菌肥时要适量地配合少量的氮肥，一般每公顷施复合菌肥25～30kg，且根据不同情况，配合施用45～75kg尿素、75kg磷酸二铵。如与有机肥料配合施用（每公顷配施商品有机肥80kg），可加快改善土壤的理化性状，增加土壤有机质的含量，提高生物菌的活性。
4、保持土壤适宜的温湿度条件：菌肥在土壤持水量30%以上、土壤温度在10～40℃、pH值在5.5～8.5的土壤条件下均可施用。在土壤持水量小于30%时要及时浇水，并及时中耕松土以保持土壤墒情、提高土壤温度。
5、配制营养土：一般取田园土（无农药污染的田园土）60kg，充分发酵腐熟的人、畜、禽粪便30kg，加复合菌肥10kg，充分搅拌均匀即可。该营养土可用于农作物、蔬菜、瓜果、果树等育苗、养苗等使用。
三、施用及推广中应注意事项：
生物菌肥起关键作用的是菌种，但菌种又是看不见摸不着的，如何判断一种生物菌肥的优劣？
首先要看有没有农业部登记证，获得农业部登记证的菌肥才可能是真正的
其次要看品牌的持续性，一般来说品牌持续时间越长，可信度越高
第三就是经营者必须亲自做试验。有了这三点基本就能判断出菌肥的优劣。
此外，在施用过程中应注意以下几点：
有效期及有效活菌数目前我国微生物肥料有效菌存活时间超过1年的不多，所以选购的菌肥要尽快使用，存放时间过长，其菌种的休眠状态可能被破坏。菌肥有效活菌数达不到标准的菌肥不能购买。国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿/克（颗粒1亿/克），复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/克。如果达不到这一标准，说明产品质量达不到要求。
温湿度、土壤及施用时期施用菌肥的佳温度是25~37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。固氮菌肥适湿度土壤的含水量是60%～70%。对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。生物菌肥不是肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7~10天施用，效果佳。