果树体内外都存在许多微生物，其中不少是有益的，可通过筛选应用有益微生物为果树的生长发育、提高质量、增进抗性奠定良好基础。随着人们连年耕作，过度施用化学肥料，土壤酸化板结，果树根系和体内的有益微生物越来越少，活性也逐年下降，造成果树树势弱，产量降低，果实品质下降。而菌肥可以额外提供新鲜的活菌，为果树带来新的动力。
微生物菌肥在使用时不能直接撒施于地表，直接暴露在阳光底下。因为太阳光中的紫外线会杀死菌肥中的有益微生物，丧失菌肥功效。使用微生物菌剂蘸根时，加水要适量，使根系完全吸附，根据菌剂中微生物的含量推荐稀释100～300倍液蘸根，蘸根后要及时定植、覆土。不可与农药、化肥混合施用，建议用菌肥后不要再用农药灌根。
菌肥对果树的主要作用有：
一、改变根量，由细菌产生的IAA、GA、CTK使植物次生根增殖，增加有效根量。
二、软化细胞壁，细菌产生的半聚糖醛酸转化酶（PATA）可软化根系细胞壁，从而促进营养吸收。
三、产生转铁产物，细菌产生的转铁产物可聚合或螯合土壤铁，使之成为对果树更有效的物质。
四、增加磷的有效性，细菌分泌出增加石灰性土壤中磷有效性的酸性物和螯合物。
五、阻止病害，细菌改变根际环境，从而抑制根系病原体的竞争力。
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